Biyoteknoloji Bölümü'nün araştırma konuları, modern biyoteknolojinin temel disiplinlerini kapsamakta ve özellikle ülkenin ve bölgenin endüstriyel ve tarımsal potansiyeline yönelik uygulamalara odaklanmaktadır.
Bölümün temel araştırma konuları şu başlıklar altında özetlenebilir:
1. Mikrobiyal ve Endüstriyel Biyoteknoloji
Sanayiye yönelik biyoproseslerin geliştirilmesi bu alanın ana odak noktasıdır.
2. Bitki Biyoteknolojisi
Bölüm, Mersin'in güçlü bir tarım bölgesi olmasından dolayı bitki biyoteknolojisine özel bir önem vermektedir.
3. Moleküler Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliği
Bu alan, diğer tüm araştırma konularının temelini oluşturan teknikleri kapsar.
4. Hayvan Biyoteknolojisi ve Biyomedikal Uygulamalar
5. Biyoinformatik
Özetle, Biyoteknoloji Bölümü; tarımsal verimliliği artırmaktan endüstriyel enzim üretimine, çevresel kirliliğin giderilmesinden sağlık alanındaki moleküler tanı yöntemlerine kadar geniş bir yelpazede uygulamalı ve temel araştırmalar yürütmektedir.